ncbi中primer,blast使用方法是什麼
rimer-BLAST的輸入Primer-BLAST界面包括了Primer3和BLAST的功能。提交的界面主要包括三個部分:targettemplate(模板區),theprimers(引物區),和specificitycheck(特異性驗證區)。跟其它的BLAST一樣,點擊底部的“Advancedparameters”有的參
這個工具整合了目前流行的Primer3軟件,再加上NCBI的 Blast進行引物特異性的驗證。那該怎麼使用呢?一起來看看吧!
材料/工具
計算機
方法
Primer-BLAST的輸入:Primer-BLAST界面包括了Primer3和BLAST的功能。提交的界面主要包括三個部分:target template(模板區), the primers(引物區), 和specificity check(特異性驗證區)。跟其它的BLAST一樣,點擊底部的“Advanced parameters”有更多的參數設置。
不就是說你的上游引物沒法在你所輸入的序列上發現,你確認下序列號和引物序列都對不對。
模板(Template) 在“PCR Template”下面的文本框,輸入目標模板的序列,FASTA格式或直接用Accession Number。如果你在這裏輸入了序列,是用於引物的設計。Primer-BLAST就會根據你輸入的序列設計特異性引物,並且在目標數據庫(在specificity check區選擇)是唯一的。
如何利用NCBI中的Primer-BLAST設計引物 首頁 問題 全部問題 經濟金融 企業我們會通過消息、郵箱等方式儘快將舉報結果通知您。 說明 0/200 提交 取消 新手
引物(Primers) 如果你已經設計好了引物,要拿來驗證引物的好壞。可以在Primer Parameters區填入你的一條或一對引物。並且選擇好驗證的目標數據庫(在specificity check區選擇)。根據需要可設置產物的大小,Tm值等。
organism這項覺得可以默認不填,因爲你要搜索的物種表達方式可能會有好幾種。不填的話搜索的範圍會更全,更能檢測你的產物特異性。
特異性(Specificity) 在specificity check區,選擇設計引物或驗證引物時的目標數據庫和物種。這一步是比較重要的。這裏提供了4種數據庫:RefSeq mRNA, Genome (selected reference assemblies), Genome (all chromosomes), and nr (the standard non-redundant database)。前兩個數據庫是經過專家註釋的數據,這樣可以給出更準確的結果。特別是,當你用NCBI的參考序列作爲模板和參考序列數據庫
你的意思是引物特異性不好,會將同源基因克隆出來? 如果這樣的話可以適當的增加引物bp數,或者是讓引物跨編碼區與非編碼區,還有就算特異性不好還可以在克隆的時候降低退火溫度來調節。
作爲標準來設計引物時,Primer-BLAST可以設計出只擴增某一特定剪接變異體基因的特異引物。selected reference assemblies 包括以下的物種: human, chimpanzee, mouse, rat, cow, dog, chicken, zebrafish, fruit fly, honeybee, Arabidopsis, 和 rice。Nr數據庫覆蓋NCBI所有的物種。
數據庫構建基於ncbi收錄的所有核酸序列對你提交的序列或者引物進行比對,設計的引物可以跨內含子,外顯子等等等。不錯的。 misprimed product沒看到過,不知道
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NCBi primer-blaet 引物設計輸入DNA templete時如何區分內含子和外顯子
這個軟件有明確說明:“A refseq mRNA sequence (for example an entrez sequence record that has accession starting with NM_) allows the program to properly identify the corrsponding genomic DNA and thus find correct exon/intron boundaries.”
你不需要輸入內含子,但是在輸入序列的時候必須是NM_打頭的記錄,這樣軟件自動會根據基因組的序列找到內含子和外顯子的交接區
如何將ncbi的dna數據導入primer5.0
首先打開NCBI,將查找範圍選定爲Nucleotide,輸入關鍵詞,找到目的序列
首先肯定是要有保存好的基因序列,這裏我是從NCBI上保存的DNA序列
然後,打開Primer應用程序,單擊Activate Product進行激活。打開新的GenTank核酸窗口
打開保存的DNA序列
點擊Primer,查找引物
然後點擊Search,參考參數尋找合適的引物
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你不需要輸入內含子,但是在輸入序列的時候必須是NM_打頭的記錄,這樣軟件自動會根據基因組的序列找到內含子和外顯子的交接區
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首先肯定是要有保存好的基因序列,這裏我是從NCBI上保存的DNA序列
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然後點擊Search,參考參數尋找合適的引物
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